Letecká společnost byla založena v roce 1996 stejně jako cestovní kancelář Fischer, a.s. Václavem Fischerem.
Dvě letadla opustila výrobní linku ve Spojených státech v roce 1997, třetí v roce 1999. Boeing 737 používaný v konfiguraci Fischer Air má kapacitu 148 míst. Délka letadla je 33,4 metrů, výška v ocasní části 11,1metrů a rozpětí křídel 28,9 metrů. Letouny měly o rok dříve zabudován nejmodernější bezpečnostní systém TCAS, který byl povinně zaveden až o rok déle. Každé z letadel nalétalo ročně přes 3500 letových hodin. Vzlétala přibližně 55x týdně do různých destinací jako byly například Kanárské ostrovy, Španělsko, Portugalsko, Maroko, Francie, Itálie, Tunisko, Řecko, Egypt, Izrael, Chorvatsko, Německo, Kypr.
První ze 3 Boeingů 737-300 byl OK-FAN (B737-33A) , který poprvé vzlétl 7.31997. Do konce dubna byl zalétáván na výcvikové lety a jeho první linka směřovala na Palma de Mallorcu (PMI), čímž byl oficiálně zahájen provoz letecké společnosti.
Druhý OK-FUN (B737-33A) vykonal svůj první let 28.3.1997 a 1.5.1997 se vydal na svoji první linku z Prahy do Heraklionu (HER).
V roce 1999 byl pronajat poslední Boeing OK-FIT (B737-36N), 30.1.1999 poprvé vzlétl . 2.4.1999 absolvoval svoji první linku z Prahy do Říma – Ciampo (CIA). Handling pro Fischer Air zprvu zajišťovala firma Czech Ogden Airhandling, od letní sezóny 2000 odbavují lety Fischer Air České aerolinie. Letadla startovala v České republice celkem ze 4 letišť a to z Prahy, Pardubic, Ostravy a Brna. Rok 2000 jako jediný prošel ztrátou 85,6 milion korun. 5.-29.11.2001 byl u ČSA proveden IL-Check na OK-FUN, OK-FAN prošel touto revizí od 30.11 do 20.12. Mezi rokem 2001 až 2002 Fischer zaměstnával přibližně 100 stewardů, 40 pilotů, 12 mechaniků a 12 dispečerů. Uvažovalo se nad dalším pronájmem letadla, ale bohužel dluhy přiváděly společnost ke krachu. 31.7.2003 ve Fischer ,s.r.o., začala naplno probíhat exekuce. Pojišťovna Allianz vypověděla Fischer Air pojištění. Pokud do srpna nebude sjednáno nové pojištění, lety budou pozastaveny. Od 1. srpna řídil společnost nucený správce. Exekuci na majetek podaly i České aerolinie a Česká správa letišť. 21.4.2005 byl OK-FIT poslán do Polska , kde začal létat jako SP-FVO pro nově založenou leteckou společnost Fischer air Polska..
Společnost Fischer Air přešla pod Charter Air a následně zanikla. V současné době stojí již několik měsíců OK-FAN a OK-FUN na letišti v Praze a čekají na svůj další osud. Bývalý OK-FIT byl nedávno přebarven do barev Centralwings.A byl přepraven k její společností.
Jeho dva sourozenci OK-FAN a OK-FUN čekají nadále na svůj budoucí osud, který už nevypadá tak černě, jelikož se na obou letadlech začalo pracovat a proslýchá se, že by jedno z letadel mělo nahradit rozbité letadlo rumunského dopravce Tarom.
